課程資訊
課程名稱
植物基因體學
Plant Genomics 
開課學期
101-2 
授課對象
生物資源暨農學院  農藝學系  
授課教師
林彥蓉 
課號
Agron5056 
課程識別碼
621 U6450 
班次
 
學分
全/半年
半年 
必/選修
選修 
上課時間
星期五5,6,7(12:20~15:10) 
上課地點
 
備註
教室:農藝316。建議先修遺傳學,分子遺傳學、分子生物學或生物資訊學導論 與劉力瑜、邢禹依、董致韡合開
限學士班三年級以上
總人數上限:16人 
Ceiba 課程網頁
http://ceiba.ntu.edu.tw/1012Plant_Genomics 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
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課程概述

Genome science has been one of the most blooming sciences in the past decade. The complete genome sequences of the dicot model plant, Arabidopsis, and of the monocot crops such as rice, sorghum and maize are released. In addition, many crops and plants are undergone sequencing. The genomic information provides various research methodologies and speeds up traditional researches. This course will emphasize on genetic mapping, physical mapping, and genome sequencing and annotating to dissect plant genomes. Consequently, this course will introduce the applications of genomics in positional cloning, gene expression, comparative mapping, genetic variation and so on. 

課程目標
Organization and Structure of Genomes
Assemblies of Genetic and Physical Maps
Genome Sequencing Projects
The Application of NGS data on Plant Genome Studies
Plant Functional Genomics
Bioinformatics-Sequence alignment, comparative genomics
SNPs and Variation
 
課程要求
 
預期每週課後學習時數
 
Office Hours
 
指定閱讀
 
參考書目
Benfey P.N., and Protopapas A.D., “Genomics” Pearson Education, USA, 2005
Cullis C.A. “Plant Genomics and Proteomics”, John Wiley & Son (Asia), USA, 2004
 
評量方式
(僅供參考)
   
課程進度
週次
日期
單元主題
第1週
2/22  Introduction of Plant Genomics 
第2週
3/01  Organization and Structure of Genomes 
第3週
3/08  Establishing a Linkage Map and Physical Map of Genome  
第4週
3/15  Genome Sequencing Methods and Strategies 
第5週
3/22  Midterm I 
第6週
3/29  Next Generation Sequence (NGS) 
第7週
4/05  民族掃墓節,放假一天 
第8週
4/12  SNP and Variation 
第9週
4/19  Comparative Genomics 
第10週
4/26  Global Gene Expression 
第11週
5/03  The Application of NGS data on Plant Genome Studies: Lab 
第12週
5/10  Plant Genome Projects
 
第13週
5/17  Current Plant Genome Researches 
第14週
5/24  Midterm II 
第15週
5/31  Sequence Alignment 
第16週
6/07  Sequence Alignment: Lab 
第17週
6/14  Application of Bioinformatics in Plant Genomics 
第18週
21-Jun  Final (Literature Review and Presentation)